بر اساس مفاد ماده 7 قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی تنها مرجع صدور مجوزهای فوق سازمان مسؤول مناطق(سازمان بنادر و دریانوردی) می باشد که به لحاظ ساختار تشکیلاتی مناطق ویژه بندری انجام این امر توسط سازمان مسؤول به مدیریت هر منطقه واگذار میگردد.

مطابق مفاد مندرج در تبصره ماده 10 قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی ،مقام مجاز جهت صدور گواهی مبداء مدیریت منطقه است که حسب درخواست متقاضی برای کالاهایی که از منطقه خارج میشوند صادر میگردد.

معافیت مالیاتی به مدت 20 سال در مناطق آزاد وجود دارد و در مناطق ویژه اقتصادی تخفیف مالیاتی طبق مقررات داخل کشور است.

مناطق ویژه اقتصادی نقش مهمی در افزایش روند تجارت بین المللی و اشتغال زایی در سراسر جهان ایفا می نمایند. از منظر اقتصاد جهانی، مناطق ویژه اقتصادی و مناطق پردازش صادراتی به عنوان ابزار یا اهداف سیاستگذاریهای دولت ها در جهت گسترش صنعتی شدن، اشتغال زایی و توسعه منطقه ای به شمار می روند.

هر منطقه توسط سازمانی که به صورت شرکت یا شخصیت حقوقی مستقل تشکیل می گردد وسرمایه آن متعلق به دولت است، اداره می شود. این شرکت ها و شرکت های وابسته از شمول قوانین و مقررات حاکم بر شرکت های دولتی و سایر مقررات عمومی دولت مستثنی بوده ومنحصراً بر اساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری- صنعتی مصوب 7/ 6/ 1372 مجلس شورای اسلامی و اساسنامه های مربوط، اداره خواهند شد و در موارد پیش بینی نشده درقانون مذکور و اساسنامه تابع قانون تجارت خواهند بود.

ماده 1 قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری- صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوبه مجلس شورای اسلامی در تاریخ 72.6.21، اهداف تشکیل مناطق آزاد تجاری- صنعتی را به شرح زیر بیان می‌کند:
تسریع در انجام امور زیربنایی، عمران و آبادانی، رشد و توسعه اقتصادی، سرمایه‌گذاری و افزایش درآمد عمومی، ایجاد اشتغال سالم و مولد، تنظیم بازار کار و کالا، حضور فعال در بازارهای جهانی و منطقه‌ای، تولید و صادرات کالاهای صنعتی و تبدیلی و ارائه خدمات عمومی.

 براساس مفاد ماده یک از قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی هدف از ایجاد این مناطق به شرح ذیل اعلام گردیده است:

• پشتیبانی از فعالیت های اقتصادی. 
• برقراری ارتباط تجاری بین المللی و تحرک در اقتصاد منطقه ای و تولید و پردازش کالا. 
• انتقال فناوری. 
• صادرات غیرنفتی. 
• ایجاد اشتغال مولد و جلب و تشویق سرمایه گذاری داخلی و خارجی.
• صادرات مجدد،عبور خارجی(ترانزیت)و انتقال کالا(ترانشیپ).

• صدور قبض انبار تفکیکی قابل معامله و گواهی مبداء جهت کالاهای وارداتی و صادراتی. 
• آزادی مشارکت و سرمایه گذاری برای اتباع داخلی و خارجی. 
• ورود و خروج کالا بدون پرداخت عوارض گمرکی و سود بازرگانی جهت پردازش، تولید،تبدیل، تکمیل و ... 
• معافیت گمرکی برای ورود کالاهای ساخته شده در منطقه ویژه به داخل کشور بهمیزان ارزش افزوده. 
• امکان صادرات، ترانزیت، ترانشیپ و صدور مجدد کالا بدون هیچگونه تشریفات گمرکی
• تضمین سرمایه های خارجی و سود حاصل از آنها. 
• آزادی ورود و خروج سرمایه به منطقه. 
• آزادی ورود و خروج کالاهای خارجی از کلیه مبادی و مقاصد در منطقه. 
• امکان تبدیل و بسته بندی کالاها جهت صادرات مجدد. 
• امکان تولید انواع فرآورده های صنعتی قابل عرضه در بازار ایران یا کشورهای خارجی. 
• امکان ورود درصدی از محصولات تولیدی در داخل منطقه به کشور بدون طی تشریفات زائد. 
• عمده فروشی کالا با شرایط آسان. 

منظور از منطقه ویژه اقتصادی بندری منطقه حراست شده ایست که به موجب ماده 1 قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی جمهوری اسلامی ایران(مصوب 1384) ایجاد و در حال حاضر شامل مناطق ویژه اقتصادی بندری شهید رجایی،بوشهر، نوشهر، امام خمینی(ره) و امیر آباد می باشد.